L’église de
San Francisco sur la Plaza du même nom, est un édifice du XVIII° s. est la meilleure représentation de l’art baroque métis de la ville. Sa construction en pierre de taille offre un séduisant mélange de styles espagnol et mestizo du XVIe siècle. Fondée en 1548 par Fray Francisco de Los Angeles, sa construction démarra l'année suivante, mais la première structure s'effondra en 1610 sous le poids de la neige. L'église fut reconstruite entre 1744 et 1753 avec des pierres provenant de la carrière voisine de Viacha. Inspirées par la nature, les sculptures qui ornent la façade représentent notamment des chirimohyas (anones), des pommes de pin et des oiseaux tropicaux. Dans le haut de la Plaza San Francisco, l'ensemble massif de piliers rocheux et de visages en pierre vise à représenter et honorer les trois grandes cultures du pays : Tiahuanaco, inca et moderne. Ses autels intérieurs récemment restaurés sont revêtus de feuilles d’or finement travaillées.